Segundo dados da Comissão Eleitoral, o outro grande favorito para estas eleições, o Conselho Nacional para a Reconstrução do Timor-Leste (CNRT), ficou em segundo com 27,2 por cento dos votos.
O secretário geral do Fretilin, Mari Alkatiri, celebrou a vitória de seu partido e convidou o líder do CNRT, Xanana Gusmão, a trabalhar juntos pelo futuro do Timor Leste.
Ambos partidos puseram fim a sua rivalidade em 2015 com um acordo para um governo de unidade que ofereceu estabilidade ao país.
Os outros partidos que terão representação no próximo Parlamento são o Partido Democrata (PS), com 10 por cento, o Partido de Libertação Popular (PLP) com 9,8, e Khunto, com 6,9.
Temas como o futuro econômico do país, a pobreza, a educação e a saúde figuram entre as principais preocupações dos timorenses e marcarão a meta de trabalho do novo Parlamento unicameral nos próximos cinco anos.
O processo ocorre em um cenário político considerado o mais pacífico na história do Timor, quatro meses depois das eleições presidenciais.