Nos anos de chumbo em que se inicia a guerra colonial, participa na revolta de Beja, na madrugada de 1 de Janeiro de 1962. O assalto ao Regimento de Infantaria 3 pretendia ser rastilho para que mais unidades militares se rebelassem; e, nesse aspecto, segue a linha de outras tentativas de subversão do regime que fazem do “acto exemplar” e do golpe militar a via para o derrube do fascismo. Isolada, a revolta fracassa, mas deixa o sinal de que a ditadura podia e devia ser enfrentada também à mão armada.Varela Gomes fica gravemente ferido, é julgado em 1964 e condenado a pena de prisão pela ditadura.

Doze anos mais tarde, já com o regime marcelista em decomposição, sobretudo por força do desgaste provocado pelas guerras de libertação nacional, faz parte dos militares de Abril que derrubaram a ditadura. Mantém vivo o sentido de vigilância antifascista combatendo o golpe spinolista de 28 de Setembro de 1974 e, pouco depois, o golpe, igualmente de inspiração spinolista, de 11 de Março de 1975.

Integra, nos meses do Verão Quente que se seguem, a ala esquerda do MFA, que acabaria derrotada e afastada dos cargos de poder por mais um golpe: o de 25 de Novembro. Este, meticulosamente montado, foi, como se sabe, operacionalizado pela ala direita do MFA (liderada pelo Grupo dos Nove), apoiado pelos serviços secretos norte-americanos e alemães, e suportado internamente por uma ampla coligação de direita que ia dos grupos fascistas ao PS soarista.

Alvo de mandado de captura, Varela Gomes foge então do país, passando por Espanha e Cuba e estabelecendo-se em Angola. Só regressa em finais de 1979 quando entrou em vigor uma lei de amnistia.

Nunca aceitou, porém, render-se ao 25 de Novembro, nem à tão louvada “democracia representativa” então imposta e cujos frutos podres estão à vista. Chamava ele a essa democracia — “filofascista”. Nesse sentido, fez parte dos que classificam o novembrismo como aquilo que foi: uma contra-revolução destinada a esmagar a iniciativa popular que floresceu nos breves 19 meses de Abril a Novembro.

Hoje, dia 28, realiza-se o velório na Basílica da Estrela, em Lisboa, e amanhã o corpo será cremado no cemitério do Alto de São João.